Tengo el MRT.exe en System32 pero al entrar al msconfig no me aparece

El proceso MRT.exe es el Malicious Software Removal Tool, una herramienta para eliminar programas maliciosos. Primero te recomiendo asegurarte que no sea un virus ese archivo, escaneándolo con esta página web Analizador de archivos. Allí subís el archivo y te lo analizan con múltiples antivirus al mismo tiempo. En cuanto a los del inicio, estuve revisando y en todos los casos que vi, siempre se carga con el nombre MRT en el msconfig. Me extraña que no lo tengas allí, por eso te pido que revises si no es un virus. También te recomiendo revisar nuevamente la lista de ítems que se cargan al iniciar Windows, para ver si alguno hace referencia al MRT.exe. También andate a Inicio - Ejecutar, escribir "services.msc" y en la lista de procesos, fijate si hay alguno relacionado al Malicious Software Removal Tool. Si es así, clic derecho, propiedades y lo desactivás.