2 : 13 >> Irresistible

A los agentes les llega un extraño caso en donde mujeres ya fallecidas de alguna forma aparecen con el cabello y las uñas cortadas. Todos los casos se han dado en la misma funeraria y enterrados por el mismo "hombre". Fox Mulder cree que los culpable son los extraterrestres, pero Scully dice que quien hace esto es un loco fetichista.

2 : 14 >> Die Hand Die Verletzt - La mano que mata

Adolescentes estudiantes practican extraños juegos de magia negra, e inexplicablemente uno muere. Los agentes se enteran del caso y comienzan a investigar. Al principio creen que es algún ser que castiga a los estudiantes, pero después investigan y descubren que en el pueblo se suceden hechos extraños como lluia de ranas, etc.

Más tarde descubren que los directivos de la escuela a la que asistían los adolescentes también estaban implicados en sectas de magia negra. Pero al parecer, quien casua todo esto es la Sra. Paddock, una maestra que es bruja.

2 : 15 >> Fresh Bones - Huesos frescos

En un territorio de gente procedente de Haití unos militares instalan una base y comienzan a suceder cosas extrañas. Los agentes toman el caso y en el pueblo haitiano descubren signos de la práctica del vudú; una mujer a la que le desapareció el marido cuenta que en el pueblo hay sectas vudistas y muchos zombies.

2 : 16 >> Colony - Colonización (Parte 1 de 2)

Unos marineros desde un barco que se encontraba en el océano Pacíficon pueden ver caer un extraño objeto desde el cielo. Un hombres es asesinado, luego matan a otro que tenía el mismo rostro y nuevamente matan a un tercero igual a los dos anteriores. Los agentes se encuentran con un hombre que es igual a los que habían asesinado llamado Jack Barnet. Este le pide que lo protejan ya que intentan asesinarlo. El FBI les asigna una celda para él y otras personas idénticas a él. Igualmente un hombre que puede transformarse en otra persona logra matarlos con una navaja.

El padre del agente Fox Mulder, William Mulder, telefonea a su hijo y le dice que venga a la casa rápidamente. Allí Fox se encuentra con su hermana Samantha, que había desaparecido hace muchos años. Ella le dice que le hicieron todo tipo de pruebas y que la devolvieron a la Tierra pero a otra familia; ahora alguien la quiere matar.
Scully se encuentra en un hotel y tocan la puerta, ella abre y ve a Mulder. Después suena el teléfono y ella atiende, era Mulder también, que llamaba desde su casa.

2 : 17 >> End Game - Final del juego (Parte 2 de 2)

Scully es secuestrada por el Asesino de clones, quien se había hecho pasar por Mulder. Fox se da cuenta que el secuestrador quería a Samantha. Entonces el FBI tratará de capturar al Asesino de clones haciéndolo caer en un trampa. En un puente hacen el intercambio con Samantha y un francotirador del FBI le dispara; Samantha y el asesino caen el al río. Comienzan a buscarlos y encuentran a Samantha ahogada, pero en ese momento su cuerpo se descompone en una sustancia verde entonces Fox Mulder comprende que no era realmente su hermana.

Mulder encuentra una dirección que "Samantha" había escrito anteriormente y va hacia el lugar, que es un hospital. En el mismo ve a doctoras iguales con la cara de Samantha. Le cuentan a Mulder que son clones de su verdadera hermana y le dicen que saben en dónde está y se lo dirán si las protejen del Asesino de clones. En ese momento el asesino quema el hospital, pero Mulder sobrevive y vive la idea en él de que su hermana todavía está viva.

2 : 18 >> Fearful Symmetry - Simetría de Horror

Un chofer que conducía para una empresa de construcciones colisiona en una ruta con un elefante y muere. Los agentes investigan el por qué un elefante apareció en ese lugar y cómo hizo para salir del Zoológico. Cuando llegan al lugar descubren que allí ningún animal nació y que siempre pasan cosas extrañas con los animales.

Una gorila queda embarazada, y la encerraron en una habitación porque se tornaba muy violenta. Alguien entra el lugar para calmar a la gorila, pero no está en el cuarto y en ese momento algo lo levanta y lo lanza por el aire.

La gorila aparece y Mulder intenta comprenderla, ésta le dice que alguien se la lleva y luego la regresan. Por eso Fox piensa que los animales son abducidos por extraterrestres, quienes les hacen experimentos y les quitan sus bebés. Finalmente la gorila desaparece.

2 : 19 >> Dod Kalm

Un grupo de marinos llegan en una balsa a EEUU y afirman que su capitán se ha quedado en el barco. Estos hombres eran jóvenes, pero misteriosamente tienen un aspecto de personas muy ancianas. Los agentes se enteran del caso y Fox Mulder piensa que han pasado por una dimensión similar al Triángulo de las Bermudas pero que se encuentra en Noruega. Ellos viajan allá y llegan a uno los puertos para buscar a alguien que los lleve al lugar preciso donde está esa "dimensión"; nadie quería llevarlos, hasta que encuentran a alguien que se ofrece.

Una vez en el océano encuentran el barco y el capitán todavía se encuentra allí, pero se encuentra perdido y quiere matarlos. Finalmente logran atraparlo, pero en esos momento el marino que los había llevado hasta allí los deja.
Mulder, Scully y el capitán se encuentran a la deriva. Comienzan a pasar los días y ellos envejecen y Mulder queda inconsciente. Scully escribe todo en su diario, hasta después de unas semanas llegan a rescatarlos.

2 : 20 >> Humbung - El Embuste

En una de esas ferias de excentricidades comienzan a ser extrañamente asesinados los artistas. Los agentes investigan el caso y al llegar a la feria descubren extraños fenómenos como mujeres barbudas, deformes, aligatorman, pero en especial una persona que tenía pegado a su cuerpo un hermano mellizo en la parte baja de su cuerpo, el cual nunca mostraba. Al parecer el hermano mellizo era el asesino que se desprendía de su cuerpo por las noches. Los agentes comienzan a perseguir al fenómeno, pero alguien de la feria se lo come.

2 : 21 >> The Calusari

A un niño comienzan a ocurrirle extraños accidentes, en donde el causante creen que es algo paranormal. Los agentes investigan el caso y descubren que los padres de Holvey tuvieron otro niño gemelo que había muerto el día en que nació, todo indicaba que el gemelo fallecido quería apoderarse de su hermano.

2 : 22 >> F. Emasculata

Los agentes junto con el FBI buscan a dos fugitivos que están contaminados con un germen que se expande fácilmente. Éste hace que la piel se llene de ronchas y finalmente estas explotan diseminando más gérmenes.

2 : 23 >> Soft Light - Luz Tenue

Una ex-alumna de Scully pide ayuda a los agentes ya que están desapareciendo extrañamente personas y dejan en el piso una forma circular negra como si se tratase de haberse incinerados. Un confidente, el Contacto X, les da información sobre un proyecto secreto del gobierno. Al parecer un científico hizo que su sombra asesina a las personas que si la tocaban eran incineradas por combustión espontánea.

2 : 24 >> Our Town - Nuestra Ciudad

Un inspector sanitario desaparece misteriosamente en la ciudad de Dudley en Arkansas. Los agentes investigan y descubren que un arroyo del pueblo está lleno de huesos humanos que al parecer han sido comidos por personas del lugar.

2 : 25 >> Anazasi (Parte 1 de 3)

Un joven navajo de Nuevo México descubre, tres un terremoto, un lugar lleno de cadáveres de extraterrestres.
Un experto en computación apodado El Pensador accede a la información secreta del Departamento de Defensa y comienza a cundir al pánico en estas organizaciones. El experto en computación le entrega la información que ha obtenido de los archivos secretos, pero están escritas en navajo, un idioma que casi no podía ser interpretado por lo japoneses en la Segunda Guerra Mundial. Mulder no puede continuar con la investigación, ya que agredió a Skinner porque éste lo interrogaba demasiado. El Fumador Compulsivo (CancerMan), Krycek y otros ayudantes visitan a William Mulder, padre de Fox Mulder, quien se encuentra implicado en un extraño complot. William Mulder llama a su hijo para decirle toda la verdad, pero es asesinado antes por Krycek.

Dana Scully descubre que a Fox está siendo drogado con alucinógenos, provocándole diferentes reacciones de agresividad.

Mulder llega al lugar desértico donde fueron encontrados los cadáveres alienígenas. Allí un navajo le dice que en ese lugar vivió una tribu india hace seis mil años llamada Anazasi, que significa "Antiguos extraterrestres". De un día para el otro esta tribu desapareció y muchos piensan que fueron rapatados por extraterrestres. Mulder ingresa en la cueva y ve muchos cadáveres extraterrestres y en sus brazos tienen la señal vacuna. En ese momento Scully llama a Mulder por el celular y dice que ha encontrado documentos que revelan experimentos practicados con humanos que fueron hechos por un científico nazi que comenzó a trabajar con los estadounidenses después de la guerra. El Fumador Compulsivo llega con un escuadrón en ese momento. El escuadrón regitran el vagón y finalmente lo hacen explotar.