3 : 01 >> The Blessing Way - El Camino Bendito (parte 2 de 3) 

Los navajos encuentran a Mulder bajo las rocas, este se encuentra malherido; estos le hacen un ritual llamado "El camino bendito" para que el alma regrese al cuerpo. Mulder llega a un puente entre la vida y la muerte y allí habla con Garganta Profunda y su padre, quienes le dicen que debe terminar su misión. Los indios del norte dicen que la profecía de "La mujer Búfalo Blanco" empieza a complirse. Esta profecía dice que una mujer descendió del cielo y enseñó a los indios grandes virtudes y anunció que regresaría. Nace un pequeño búfalo blanco, y ahí comienza la profecía.

Scully tiene sueños en donde ve a Mulder y ella despierta y cree que él vive. Scully llega a los cuarteles del FBI y al revisarla con los detectores de metales le descubren un implante en su cuello que ha llevado ella desde que la abducieron. Melissa, la hermana de Scully, insiste para que ella vaya a ver a un hipnotizador y así descubrir qué le sucedió.

Dana asiste al funelar de William Mulder, padre del agente Fox. Allí un personaje apodado el hombre de las manos cuidadas dice que es miembro del grupo que mueve los hilos (MOE). Él le dice que corre peligro ya que intentan asesinarla, pero ella no le cree.

Por la noche Melissa se dirige al departamento de su hermana Dana Scully; y Dana también se dirige a la casa de su hermana, pero en el trayecto Skinner la intercepta. Melissa llega a la casa de Dana y adentro se encontraban los asesinos de la MOE, Krycek y Luis Cardinal. Ellos confunden en la oscuridad a Melissa con su hermana y le disparan.

El director Skinner le exite a Dana Scully que le entregue la cinta con las evidencias, pero en ese momento llega Fox Molder.

3 : 02 >> Paper Clip - Pisapapeles (parte 3 de 3)

El director Skinner dice que la cinta tiene evidencia importante y que puede servir para saber la identidad de los asesinos del padre del agento Mulder. El director promete que él se quedará con la cinta y los agentes acceden.
Con la ayuda de los Pistoleros Solitarios, los agentes analizan fotografías del padre de Mulder y logran identificar a uno de los hombres que lo acompañan llamado Victor Klemper. Klemper fue un criminar de guerra nazi que participó en la Operación Pisapapeles. Fue un proyecto del gobierno en donde se ofrecía un asilo a científicos a cambio de prestar sus conocimientos.

Se contactan con este hombre y les dice que la foto fue tomada en una compañía minera llamada Stunghold en Virginia y les dice un logaritmo llamado la constante de Napier, una ayuda para descubrir la verdad.

Mulder y Scully llegan a la mina abandonada en donde encuentran puertas cerradas y para abrirlas necesitan una key, en donde acceden a través del logaritmo dicho por Klemper. Llegan a un gran lugar repleto de archivos en donde se encuentran los expedientes de vacunación en contra del sarampión de todos los nacidos desde 1950 en EEUU junto con muestras de sus tejidos. Ellos encuentran los archivos de la agente Dana Scully y la de hermana de Mulder, Samantha. De repente llega un OVNI y unos extraterrestres les "dicen" que los están persiguiendo. Los agentes se van del lugar hacia la casa de Klempler, pero encuentran al Hombre de las Manos Cuidadas, quien les dice que el científico a muerto. Éste les cuenta la verdad sobre el padre de Mulder y las personas que aparecen en esa foto. Les dice que en Nuevo México en el año 1947 una nave se estrelló y la encontraron. Allí se inició la Operación Pisapapeles.

El director Skinner le comunica a Dana Scully que a su hermana Melissa le han disparado y se encuentra en el hospital. Él llega al lugar donde se encuentra Melissa, pero unos hombres juntos con Krycek le quitan la cinta.
Fox cree que Klemper quería crear una raza híbrida humano-extraterrestre y para esto tenían el archivo de ADN en esa mina "abandonada".

Le avisan a la agente Scully que su hermana murió y sabe que el atentado debió ser para ella.
Krycek le dice al Fumador Cumpulsivo (Cancerman) que deje vivir a los agentes, de lo contrarió hablará. Para asegurarse él, el indio Alber y otros veinte miembros de su tribu que han memorizado el contenido de la cinta.

3 : 03 >> D.P.O.

Cinco personas mueren por rayos en Coonerville y los agentes son asignados a investigar los casos. Comienzan a investigar en un local de videojuegos en donde Mulder descubre las inciales D.P.O. en las máquinas de juegos, el cual corresponde a la única persona que sobrevivió de los rayos eléctricos. Los agentes descubrirán que este joven sujeto puede atraer los rayos a su gusto y conveniencia.

3 : 04 >> El Descanso Final de Clyde Bruckman

Se han dado asesinatos de adivinos que aparecen muertos con los órganos del cuerpo acomodados de forma extraña. Al parecer el asesino sabe el futuro a través de las entrañas de los hombres muertos. El agente Mulder recurre a la ayuda de Clyde, una persona que tiene ciertas habilidades psíquicas y puede saber ciertos detalles de los crímenes. Scully también investiga y descubre una relación entre las víctimas, todas pertenecen a la misma empresa en dónde el director también fue asesinado.

Clyde al ver el futuro logra saber que la próxima víctima del asesino sería él.

3 : 05 >> The List - La Lista

Un preso llamado Manley fue muerto en la silla eléctrica, pero antes de morir dejó una lista de cinco personas que morirían aunque él ya estuviese muerto. Comenzaron a morir las personas de la lista y los agentes creen que éste de alguna manera mata a sus víctimas.

3 : 06 >> 2Shy - El Tímido

Un usuario de Internet que firma como 2Shy llamado Virgil, conoce a mujeres por este medio y al conocerlas las asesina. Sus víctimas se encuentran cubiertas por una extraña sustancia y en avanzada descomposición.
Para suerte de los agentes, una de las víctimas bajo las uñas ha conservado piel del asesino. Al ser analizado descubren que el cuerpo del asesino no tiene aceites ni ácidos grasos presentes en todos los cuerpos.

3 : 07 >> The Walk - El Caminar

Militares y sus familiaron están siendo asesinados misteriosamente por lo que se cree un espíritu. Los agentes investigan sobre los casos y llegan hasta una persona llamada Quentin Freely, un excombatiente; pero descubren que este sujeto tiene las extremidades amputadas, lo que desconcierta a Mulder y Scully. Al parecer esta persona lograría sus asesinatos a través de viajes astrales o experiencias extracorpóreas.

3 : 08 >> Oubliette - Mazmorra

Un extraño secuestra a Amy, y en ése momento una mujer que también había sido raptada cuando era chica comenzó a percibir las reacciones de ella. Los agentes tratan tratan de encontrar al secuestrador de Amy investigando esa conexión psíquica que se sucedió entre ellas.

3 : 09 >> Nisei (parte 1 de 2)

El agente Mulder obtiene un vídeo por correo en donde se muestra una autopsia a un supuesto extraterrestres hecha por científicos japoneses. Se ve que se interrumpe de golpe por soldados que entran a la sala.

Los agentes investigan de dónde vino la cinta y llegan a una empresa que trabaja con vídeos piratas en donde encuentran muerto a un sujeto llamado Zinnzer. Ven huir a una persona del lugar llamado Takeo, pero logran detenerlo. Takeo, un japonés, llevaba consigo fotos y una lista de miembros de MUFON, una organización ufológica. Las fotos tienen imágenes de un barco de salvamento llamado el Talapus, que estuvo a cargo de la búsqueda de un submarino japones que fue hundido en la Segunda Guerra Mundial. Al parecer el Talapus no encontró el submarino, pero sí otra cosa.

Scully llega a dos mujeres que se encuentran en la lista de MUFON quienes le dicen que ella era uno más de ellos y que quien fue asesinado (Zinnzer) también. Le cuentan experiencias que le hacen recordar el momento en que ella fue abducida. Estas mujeres le muestran una artefacto metálico que les fue sacado del cuello y que les fue colocado durante la abducción (recordemos que Scully tenía el mismo artefacto); le advierten a ella que gran parte de estos abducidos mueren de una extraña enfermedad.

Mulder, por su parte, llega a Virginia y encuentra el buque Talapus. El director Skinner se comunica con Mulder y le dice que el japonés llamado Takeo ha sido asesinado.

Se entrevista con el senador Matheson y éste les da los nombres de cuatro ciéntificos asesinados últimamente y que habían ejercido en la Segunda Guerra Mundial. Una vez más el agente Mulder cree que el objetivo era crear un híbrido humano-extraterrestre en donde el gobierno es responsable y por lo tanto también lo es de la muerte de estos científicos.

Mulder cree que el extraterrestre de la autopsia se encuentra en un vagón usado por el gobierno y éste llega al lugar en donde se encuentra un tren que aparecía en las fotos que portaba Takeo. En el momento llega una ambulancia y autos negros y bajan a un extraño ser dentro de un traje. El agente logra subir al tren...

3 : 10 >> 731 (parte 2 de 2)

La agente Scully, tras investigar, sabe que estos implantes metálicos obtienen cierta información de las personas abducidas. Estos artefactos están relacionados con un centro de investigación japonesa hallado en Virginia y dirigido por el Dr. Shiro Zama. Ella llega al lugar y habla con un hombres deforme, quien le dice que este lugar era una colonia de leprosos, pero fue ocupada por el escuadrón de la muerte. Éstos investigaban con personas que tenían síntomas similares a la lepra y los maltrataban o mataban.

En esos momentos Mulder trata de llegar al vagón que ha sido aislado de los demás.

Scully busca al doctor Shiro Zama, pero ha sido asesinado por Cold-Blooded Killer. Allí la agente es capturada por Elder, un miembro de la MOE, la Multinacional de Operaciones Encubiertas. Éste le dice que Shiro Zama fue un brillante científico y que su verdadero nombre era Ishimaru. Éste había obtenido asilo político en EE.UU. tras la Segunda Guerra Mundial, pero a cambio de dar información e investigar para el gobierno americano, pero se opuso a dar las conclusiones de los experimentos. La agente Scully llega a un cuarto en dónde supuestamente llevaron a cabo experimentos con ella.

Cold-Blodded Killer entra al vagón y encuentra a Mulder amenzándolo. Dana Scully llama al agente Mulder y le dice que Ishimaru transporta en el vagón pruebas radiactivas que fueron realizadas a leprosos y otras personas como dementes. Tales pruebas habían sido terminadas según el presidente de EE.UU. pero siguieron funcionando en realidad. Pero Mulder sigue aferrado en creer que lo que investigaba el científico japonés era cómo crear un híbrido humano-extraterrestre inmune a radiaciones.

El agente Mulder descubre que en el vagón hay una bomba y pide que suelten el vagón del tren. Para salir se debe utilizar una clave, la cual se la da Scully por teléfono. Cold-Blooded Killer trata de escapar, pero el Contacto X lo mata. Él tiene que decidir entre salvar a Mulder o el híbrido, pero decide salvar al agente. En ese momento el vagón estalla.

3 : 11 >> Revelations - Revelaciones

Un adolescente de Ohio llamado Kevin Krider comienza a ser estigmatizado y su padre es internado ya que piensa que las fuerzas oscuras intentan matar a su hijo. Kevin dice ser el hijo de Dios y que tiene la misión de comenzar el Armagedón. Los agentes protejen al adolescente del Hombre del Milenio, quien mata a personas estigmatizadas falsas.

3 : 12 >> La Guerra de los Coprófagos

Ciertas personas comienzan a morir misteriosamente en un pueblo; lo extraño es que en ellas descubren cucarachas. Al analizar uno de estos descubre que no son insectos, sino robots.