2 : 01 >> The Little Green Man - El pequeño hombre verde

El departamento de los Expedientes Secretos está cerrada. Scully tribaja en la morgue del FBI y Mulder se encarga de escuchas telefónicas. El senador Richard Matheson llama a Mulder, quien le dice que debe ir a la base del proyecto SETI e Arecibo, Puerto Rico. La SETI es la encargada de encontrar señales de vida inteligente en el espacio.

En la base del SETI encontró un hombre atemorizado en el baño y contó que unos seres extraños lo habían dejado allí; él dijo también que anteriormente había visto una luz.

Hacia la noche un estruendoso rayo cae cerca de la base SETI y Jorge C. huye al bosque, y finalmente es hallado por Mulder. Este hombre estaba muerto.

Tiempo después Molder ve una luz sobre la base y él llega al lugar. Un ser largo y verde entra a la habitación donde él se encontraba. Al día seguiente Scully llega a Arecibo y encuentra a Mulder en el piso desmayado. En el momento llega el escuadrón Boinas Azules y destruye toda la evidencia.

2 : 02 >> The Host - El Huésped

La explosión de Chernobil afectó con su radiación a los seres vivos convirtiéndolos en mutantes. Uno de los afectados fue Flukeman, quien llegó a Estados Unidos dentro de un barco y se introdujo en una fábrica en donde comenzaron a ser atacados por una especies de parásitos los trabajadores de la misma.

Mulder finalmente después de investigar, persigue al mutante y logra partirlo en dos activando una máquina. Supuestamente el mutante murió, pero muestran que la otra parte de este estaba viva.

2 : 03 >> Blood - Sangre

Se comienzan a dar asesinatos cometidos por personas que no tienen historial criminal. Estas personas son influenciadas por aparatos electrónicos...

2 : 04 >> Sleepless

Un científico muere incinerado, pero no hay rastros del incendio. Mulder trabaja en este caso con el agente Krycek.

2 : 05 >> Duane Barry (parte 1 de 3)

Un Ex-Agente del FBI llamado Duane Barry escapa de un psiquiátrico. En una agencia de viajes toma de rehenes a todas las personas que se encontraban allí. Mulder y Krycek son los encargados de hablar con Barry y este les dice que ha sido raptado por alienígenas y que si no lo detienen, se lo llevarán nuevamente; también le dice que puede intercambiarse con otra persona; de esta manera los extraterrestres se llevan a otro. Duaney Barry, libre, logra secuestrar a Scully para así intercambiarla.

2 : 06 >> Ascension (parte 2 de 3)

Mulder escucha su contestador automático y, por los gritos de socorro de Scully, él se dirige a su departamento. Llega tarde, alli la policía les dice que fue secuestrada por Duane Barry.

Duane Barry tiene a Scully atada en el del auto que conduce a gran velocidad; un policía lo detiene, pero este logra matarlo de un disparo, pero los hechos quedaron grabados por la cámara de vigilancia del patrullero.

El agente Mulder obtiene la cinta y la investiga. Él logra ver a Scully tras una ampliación. Mulder recuerda una expresión de Duane Barry que decía "Ascensión a las estrellas" y de esta manera piensa que llevará a Scully a la cima de "Skyland Mountain". Krycek, quien acompañará a Mulder, se contacta con El Fumador Compulsivo (Cancer Man) y cuenta qué hará Mulder.

Molder llega a la cima y encuentra el auto de Duane Barry sin nadie en su interior, pero encuentra la cadena con la cruz de Scully. Él ve que Barry se acerca hacia él, pero sin Scully. Mulder le pregunta qué ha pasado con ella, pero este le dice que se la han llevado. En ése momento el agente intenta estrangularlo, pero Barry logra decirle que los militares pueden decirle dónde está ella.

Barry, ya prisionero, muere. Mulder encuentra en el auto restos de cenizas de cigarrillos y ahí sabe que todo fue un engaño, intenta encontrarse con Krycek, pero este ha desaparecido.
El director Skinner dice que Reabrirá los Expedientes X.

2 : 07 >> 3

No hay rastro de Scully. Mulder continúa con la investigación en la Expedientes X, que fuero reabiertos por el nuevo director llamado Skinner. En este caso ocurren varios asesinatos en donde son sospechosos tres adolescentes. 

Las víctimas presentan las características de vampirismo.

2 : 08 >> One Breath - Un suspiro (parte 3 de 3)

Scully reaparece misteriosamente en un hospital de Washington, pero está en estado de coma. Mulder llega urgentemente al establecimiento. En ese momento se puede ver el alma de Scully flotando en un barquito y en la orilla está su padre y otra mujer vestida como enfermera. Mulder habla con el médico a cargo de ella, pero no obtiene muy buenos resultados, entonces extrae sus exámenes y se los lleva a los Pistoleros Solitarios. Ellos concluyen que se ha experimentado con el ADN de la agente Scully.

Mulder vuelve al hospital y descubre a un sujeto que extrae muestras de sangre de Scully; este sale corriendo y Mulder lo persigue. Cuando él sale se encuentra con el Señor X y le dice retóricamente "¿Quiere saber cuanto cuesta conocer la verdad?" y en ese momento asesina al sujeto

El Fumador Compulsivo (Cancer Man) le dice a Skinner que controle a Mulder, de lo contrario ellos se encargarán.
Mulder se siente culpable por lo que le pasó a Scully y presenta su renuncia al direcor Skinner, quien no la acepta.
Por la noche Mulder recibe una llamada del hospital que le dicen que Scully ha despertado. Él llega al lugar y va a Scully que abre los ojos, éste le entrega la cadena con la cruz.

2 : 09 >> Firewalker

A los agentes le asignan un extraño caso de un aviso de volcanólogos quienes dicen que un compañero está loco.
Quienes se encuentran en la base se encuentran infectados con una semilla que crece dentro de ellos y explota.

2 : 10 >> Red Museum - Museo Rojo

En Wisconsin son vistos adolescentes únicamente en ropa interior caminando por las rutas y tienen escrito en sus espaldas "Él es uno". Mulder y Scully llegan al lugar y descubren una secta de vegetarianos que llevan puesto un ropaje rojo. La secta tiene el objetivo de convertir más personas al vegetarianismo.

2 : 11 >> Excelsius Dei

Una enfermera que trabaja en un asilo de ancianos dice que fue violada y maltratada por un ser invisible en ése lugar. Mulder y Scully investigan el caso y descubren que en el asilo hay personas que han visto espíritus y demás apariciones. Finalmente los agentes descubren que el cocinero tenía plantado en un subsuelo hongos con propiedades alucinógenas.

2 : 12 >> Aubrey - Legado de Muerte

Una detective, Morrow, sueña con asesinatos que ocurren de verdad. Pide ayuda a los agentes para encontrar al asesino de sus sueños, pero el problema es que los crímenes se suceden cuando ella duerme.